سانتیاگو یک چوپان جوان و ماجراجو اندلسی(یکی از شهرهای اسپانیا است) است که خوابی تکراری او را دچار مشکل می کند. او هر بار که زیر درخت چناری که از ویرانه های یک کلیسا می روید، خواب می بیند. در طول خواب، کودکی به او می گوید که در پای اهرام مصر به دنبال گنج بگردد. سانتیاگو برای تعبیر خواب با یک زن کولی مشورت می کند و در کمال تعجب به او می گوید که به مصر برود. پیرمردی عجیب و جادویی به نام مِلکیزِدک توصیه کولی را تکرار می کند و به سانتیاگو می گوید که سفر به اهرام مصر، افسانه شخصی اوست. ملکیزدک، سانتیاگو را متقاعد می کند که گله خود را بفروشد و به طنجه حرکت کند. وقتی سانتیاگو به طنجه می رسد، دزدی او را سرقت می کند و او را مجبور می کند تا با یک تاجر کریستال محلی کار کند. تاجر محافظه کار و مهربان است و چندین درس به سانتیاگو می دهد و سانتیاگو، بازرگان را تشویق می کند تا تجارت خود را به خطر بیندازد. خطرات نتیجه می دهد و سانتیاگو تنها در عرض یک سال به یک مرد ثروتمند تبدیل می شود.
کیمیاگر کتابی فوق العاده جذاب که به ما رهایی از دلبستگی های دنیا را یادآوری می کند و خاطرنشان میکند سفر کردن جزئی از وجود انسان است.
سانتیاگو تصمیم می گیرد درآمدهای خود را نقد کند و به تعقیب افسانه شخصی خود ادامه دهد: یافتن گنج در اهرام مصر. او به کاروانی می پیوندد که از صحرایی به سمت مصر می گذرد و با مردی انگلیسی آشنا می شود که در حال تحصیل برای کیمیاگری است. او در طول سفر از مرد انگلیسی چیزهای زیادی یاد می گیرد. برای اولین بار، او می فهمد که راز کیمیاگری بر روی سنگی به نام لوح زمرد نوشته شده است. خلقت نهایی کیمیاگری کار اصلی است که می تواند سرب را به طلا تبدیل کند و مایعی به نام اکسیر حیات که می تواند همه بیماری ها را درمان کند. سانتیاگو متوجه می شود که مرد انگلیسی با کاروان به واحه صحرای الفیوم(یک از شهرهای مصر است) می رود، جایی که یک کیمیاگر قدرتمند و 200 ساله در آن زندگی می کند. مرد انگلیسی قصد دارد راز تجارت خود را از کیمیاگر بپرسد. اما سانتیاگو نیز به آن کیمیاگر می رسد.
همانطور که معلوم است، کاروان باید توقفی طولانی در الفیوم داشته باشد تا از جنگ‌های خشونت‌آمیز قبیله‌ای در صحرا جلوگیری کند. در آنجا سانتیاگو عاشق فاطمه می شود که در واحه زندگی می کند. سانتیاگو در طول پیاده‌روی در صحرا شاهد یک فال است که حمله به واحه بی‌طرف تاریخی را به تصویر می‌کشد. او به سران قبایل در مورد حمله هشدار می دهد و در نتیجه، الفیوم با موفقیت از خود در برابر حمله دفاع می کند. کیمیاگر از دیدگاه سانتیاگو مطلع می شود و سانتیاگو را به سفری به صحرا دعوت می کند و در طی آن به سانتیاگو در مورد اهمیت گوش دادن به قلبش و دنبال کردن افسانه شخصی خود آموزش می دهد. او سانتیاگو را متقاعد می کند که فاطمه و کاروان را برای اتمام سفر خود به اهرام مصر ترک کند و به او پیشنهاد می کند که سانتیاگو را در مرحله بعدی سفر خود همراهی کند.
در حالی که کیمیاگر و سانتیاگو در صحرا ادامه می‌دهند، کیمیاگر بخش عمده‌ای از خرد خود را درباره روح جهان به اشتراک می‌گذارد. آنها تنها چند روز با اهرام فاصله دارند که قبیله ای از سربازان عرب آنها را اسیر می کنند. کیمیاگر در ازای جان خود و سانتیاگو، تمام پول سانتیاگو را به قبیله می سپارد و به سربازان می گوید که سانتیاگو کیمیاگر قدرتمندی است که در عرض سه روز به باد تبدیل می شود. سانتیاگو احساس نگرانی می کند زیرا نمی داند چگونه به باد تبدیل شود و طی سه روز آینده به بیابان فکر می کند. در روز سوم، او با باد و خورشید ارتباط برقرار می کند و آنها را تشویق می کند تا به او کمک کنند تا طوفان شن عظیمی ایجاد کند. به دستی که همه را نوشت دعا می کند و در اوج طوفان ناپدید می شود. او دوباره در طرف دیگر اردوگاه ظاهر می‌شود و افراد قبیله که از قدرت طوفان و توانایی سانتیاگو شگفت زده شده بودند، اجازه دادند او و کیمیاگر آزاد شوند.
کیمیاگر به سفر با سانتیاگو تا صومعه قبطی که چندین ساعت از اهرام فاصله دارد ادامه می دهد. در آنجا، او توانایی خود را در تبدیل سرب به طلا با استفاده از سنگ فیلسوف به سانتیاگو نشان می دهد. او به سانتیاگو طلا می دهد و او را رها می کند. سانتیاگو شروع به حفاری برای گنج در پای اهرام می کند، اما دو مرد او را مورد ضرب و شتم قرار می دهند و تمام طلاهایش را از او میگیردند. وقتی سانتیاگو در مورد رویای خود با آنها صحبت می کند، آنها تصمیم می گیرند که او را زنده رها کنند. قبل از رفتن، یکی از مردها سعی می کند بی ارزش بودن رویاها سانتیاگو را با گفتن رویای خود به او نشان دهد. این مربوط به گنجی است که در کلیسایی متروک در اسپانیا دفن شده است که در آن درخت چنار رشد می کند. کلیسا همان کلیسایی است که سانتیاگو رویای اصلی خود را در آن دیده بود و سرانجام می فهمد گنج او کجاست. او به اندلس، اسپانیا برمی گردد تا صندوقی از جواهرات و طلاهای مدفون در زیر درخت را بیابد و قصد دارد با آن به الفیوم برگردد، جایی که فاطمه منتظر اوست.
دانلود کتاب کیمیاگر به زبان اصلی The Alchemist by Paulo Coelho